Desde o primeiro empréstimo realizado pelo governo português por decreto de 29 de Outubro de 1796, que a administração da dívida fundada interna foi entregue, a uma «Junta de Administração e Arrecadação de Fundos aplicados para os pagamentos de juros», criada por alvará de 13 de Março de 1791 e que se instalou em 30 de maio seguinte.
Esta junta existiu até 1831, tendo sofrido várias modificações. Assim, o decreto de 24 de Janeiro de 1803 chama-lhe: «Junta da Administração dos Fundos e Juros dos Reais Empréstimos»; o decreto das cortes gerais extraordinárias de 25 de Abril de 1821 dá-lhe o nome de «Junta dos Juros dos Novos Empréstimos», o qual os diplomas posteriores, carta de lei de 24 de Abril e decreto de 22 de Maio de 1827, mudam para «Junta dos Juros dos Reais Emprestemos,» titulo que se conservou até 1834.
O alvará de 31 de Maio de 1825 deu nova forma à Junta, fixou o número dos seus deputados, e as circunstâncias que neles deviam concorrer; estabeleceu a sua contadoria geral e regulou a sua organização e vencimentos dos empregados respectivos.
Por decreto de 16 de Maio de 1832 foi extinta a «Junta dos Juros» e criada a «Junta do Credito Publico», mas só por decreto de 13 Março de 1834 foi dissolvida a «Junta dos Juros» e substituída pela «Comissão Interina da Junta do Credito.»
Por carta de lei de 15 de Julho de 1837 foi definitivamente criada a «Junta de Credito Publico», sendo instalada por decreto de 5 de Outubro seguinte, e então dissolvida a «Comissão Interina». A referida carta de lei de 15 de Julho de 1837 criava a Junta do Crédito Público para administrar e arrecadar os fundos destinados ao pagamento dos juros e amortização de toda a dívida consolidada; estabelecia o número dos seus membros, o modo porque deviam ser eleitos, as qualificações necessárias para o ser, e o tempo porque deviam servir; assim como a maneira por que seriam nomeados os seus empregados; e designava os objectos que ficavam a seu cargo.
Pela carta lei de 9 de Novembro de 1841 passou também para a Junta do Crédito Público o pagamento dos juros da dívida externa consolidada, sendo dotada adicionalmente para esse fim com a décima dos juros da dívida interna consolidada, e outros rendimentos designados. A Junta já tinha a seu cargo a administração do papel selado e a venda dos bens nacionais.
A lei de 8 de Junho de 1843 deu nova organização à Junta, regulando-lhe as atribuições e encargos. Por esta forma ficou somente com a administração da divida fundada interna e externa. A oficina do papel selado, que estava a seu cargo, passou para o Tesouro Público por portaria de 28 de junho de 1843.
A lei de 10 de Abril de 1876 criou a Caixa Geral dos Depósitos que colocou sob a inspecção da Junta do Crédito Público, sendo aprovado por decreto de 6 de Setembro do referido ano. o regulamento da contadoria geral da Junta. O decreto de 15 de dezembro de 1887 criou a «Direcção Geral da Divida Publica» e reorganizou a Junta do Crédito Público, que coexistiram independentes, mas sendo transferido o pessoal e os serviços para aquela por decreto de 3 de janeiro de 1888.
Por lei de 20 de maio de 1893 passou novamente para a Junta do Crédito Público o serviço da divida publica interna e externa, sendo por decreto de 14 de Agosto de 1893 reconstituída a Junta com todas as suas antigas atribuições, e declarando-se que a Direcção Geral da Dívida Pública ficava constituindo, com o respectivo pessoal, a sua secretaria. P
Pelo decreto de 10 de maio de 1894 foi aprovado novo regulamento orgânico da Junta do Crédito Público e a lei de 27 de Abril de 1896 reorganizou a secretaria, restabeleceu a tesouraria da Junta, e criou os lugares de substitutos dos vogais. Por decreto de 2 de Outubro de 1896 foi aprovado um novo regulamento da Junta do Crédito Público, o mesmo se verificando com o decreto de 8 de outubro de 1900.
Durante o período da sua existência tem a Junta desempenhado um papel importante na administração da dívida pública, zelando os interesses do Estado e os dos juristas, como lhe cumpre, impondo-se ao respeito de nacionais e estrangeiros.
Sucessivos governos confiaram-lhe sucessivamente a guarda de vários fundos, tais como o Fundo de reconstituição da marinha de guerra, o Fundo de Amortização, o Fundo dos Conventos Suprimidos, etc.